基因水平转移（英语：horizontal gene transfer缩写：HGT）又称水平基因克隆或基因侧向转移（lateral gene transfer，缩写：LGT），指生物将遗传物质传递给其他细胞而非其子代的过程，例如：接合、转导及转化。与此相对，“基因垂直传递”指生物由其祖先继承遗传物质。遗传学一般关心更为普遍的垂直传递，但目前的知识表明，基因水平转移是一个重要的现象。由于此现象的存在，使生物早期的演化关系更为复杂。水平转基因是细菌抗生素抗药性的主要原因，并且在细菌可降解新型化合物例如人类创建的杀虫剂进化中起着重要作用，并在进化，维护和传输毒性的重要原因 。这种基因水平转移经常涉及温和的噬菌体和质粒。大多数的思维在遗传学一直专注于垂直传递，但是人们日益认识到基因水平转移是一种非常显著的现象，以及是在单细胞生物之间或许是转基因主要形式。人工的基因水平转移属于基因工程的一种。

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